<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Sean , <div><br></div><div>Thanks for your response, please see below- <br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Feb 7, 2023 at 5:30 PM Sean McBride <<a href="mailto:sean@rogue-research.com">sean@rogue-research.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">On 24 Jan 2023, at 11:26, Sliva, Danielle wrote:<br>
<br>
> I am using SimNIBS4 to do a TMS simulation with targets from a previous<br>
> experimental session that utilized Brainsight for neuronavigation. I<br>
> followed the instructions here <<br>
> <a href="https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/neuronavigation/brainsight.html?highlight=brainsight" rel="noreferrer" target="_blank">https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/neuronavigation/brainsight.html?highlight=brainsight</a>><br>
> to import the targets from a Brainsight output text file, and chose the<br>
> *World* coordinate system (*NIfTI:aligned* was not an available option).<br>
><br>
> The target I'm using is in primary somatosensory cortex, adjacent to the<br>
> motor hand knob. When I look at the simulation results in gmesh, it looks<br>
> like the coil position is off - it is in the correct general area, but way<br>
> too deep in the brain. The spatial distribution of the electrical field is<br>
> also too deep in the brain, without activation on the surface of the gyri.<br>
> I found the same issue for a different control target location.<br>
><br>
> I used raw files (DICOM converted to NIfTI & DICOM) for SimNIBS and<br>
> Brainsight, respectively.<br>
<br>
You really should (in fact must) use the exact same dataset file with both SimNIBS and Brainsight.  I believe SimNIBS only supports NIfTI.  Brainsight supports NIfTI too.<br>
<br></blockquote><div><br></div><div><br></div><div><div>I have already collected my data using Brainsight and am now trying to import the targets to SimNIBS for modeling, so I cannot change the fact that I used dicom files to create the targets (but, of course, will keep this in mind for future experiments!). Since SimNIBS only supports NIfTI, does this mean that it is not possible to use my Brainsight targets with SimNIBS? Perhaps there is some kind of transformation I could do to the Brainsight coordinates? </div><div><br></div></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
> I know that Brainsight does some preprocessing to<br>
> the image (e.g. alignment to AC-PC line)<br>
<br>
Brainsight in fact does not do any such realignment.<br></blockquote><div><br></div><div><br></div><div><div>For the preprocessing, I was just referring to the optional atlas registration step in Brainsight. </div></div><div><br></div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
Cheers,<br>
<br>
Sean<br>
</blockquote></div><div><div><br></div><div><br></div><div>Many thanks for your help, </div><div>Danielle</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font color="#000000">Danielle D. Sliva</font><div><font color="#000000">PhD Candidate, Jones Lab</font></div><div><font color="#000000">Dept. of Neuroscience</font></div><div><font color="#000000">Brown University</font></div></div></div></div></div></div></div></div></div>