<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/xhtml; charset=utf-8">
</head>
<body><div style="font-family: sans-serif;"><div class="markdown" style="white-space: normal;">
<p dir="auto">Kristoffer,</p>
<p dir="auto">Would you like me to create issues on GitHub?</p>
<p dir="auto">I believe I've found something else out-of-date, on that same page:</p>
<hr style="border: 0; height: 1px; background: #333; background-image: linear-gradient(to right, #ccc, #333, #ccc);">
<p dir="auto">Examples: Python/MATLAB</p>
<p dir="auto">Select the SimNIBS model for the Magstim 70mm figure-of-eight coil</p>
<p dir="auto">tmslist.fnamecoil = 'Magstim_70mm_Fig8.nii.gz'</p>
<h2>Note: When using a coil provided by SimNIBS you only need to use the file name. If using some other coil file, please use the full path.</h2>
<p dir="auto">That in fact no longer works, you have to do <code style="margin: 0 0; padding: 0 0.25em; border-radius: 3px; background-color: #F7F7F7;">tmslist.fnamecoil = 'legacy_and_other/Magstim_70mm_Fig8.nii.gz'</code></p>
<p dir="auto">So one mustn't pass the "file name" nor the "full path" but in fact it seems one must pass a relative path, relative to the <code style="margin: 0 0; padding: 0 0.25em; border-radius: 3px; background-color: #F7F7F7;">coil_models</code> folder.</p>
<p dir="auto">Cheers,</p>
<p dir="auto">Sean</p>
<p dir="auto">On 8 Feb 2023, at 14:19, Kristoffer Madsen wrote:</p>
</div><div class="plaintext" style="white-space: normal;"><blockquote style="margin: 0 0 5px; padding-left: 5px; border-left: 2px solid #777777; color: #777777;"><p dir="auto">1) Yes indeed I think that the intention was to remove both, but
<br>
somehow it slipped I guess.
<br>
2) Yes we should update the information such that it is more current,
<br>
also after some speedups that were done for the FMM implementation of
<br>
.ccd files the efficiency issue is hardly a concern anymore.</p>
<p dir="auto">Thanks for reporting this inconsistency,
<br>
Kristoffer</p>
<p dir="auto">On Wed, 8 Feb 2023 at 20:11, Sean McBride <sean@rogue-research.com> wrote:</p>
<blockquote style="margin: 0 0 5px; padding-left: 5px; border-left: 2px solid #777777; border-left-color: #999999; color: #999999;"><p dir="auto">Kristoffer, Oula,</p>
<p dir="auto">OK, I think that clears it up for me, thanks to you both!</p>
<p dir="auto">I'll change Brainsight to always invoke SimNIBS with a .ccd file, and never a .nii file.</p>
<p dir="auto">If I might suggest, you way want to:</p>
<p dir="auto">just remove Magstim_70mm_Fig8.nii.gz too, as it's the only one left anymore.
<br>
update your docs regarding the choice and difference between ccd and nii.</p>
<p dir="auto">Cheers,</p>
<p dir="auto">Sean</p>
<p dir="auto">On 8 Feb 2023, at 14:03, Kristoffer Madsen wrote:</p>
<p dir="auto">Indeed we did remove the file on purpose mainly just for reducing the
<br>
size of the distribution. The comment regarding preferring .nii.gz
<br>
over .ccd files is somewhat outdated. You will still obtain faster
<br>
stimulations using the .nii.gz files, however the result should be the
<br>
same (or rather extremely similar). The .nii.gz is actually generated
<br>
based on the .ccd file and you can basically recreate the .nii.gz file
<br>
by running the simnibs command "ccd2nifti -i
<br>
legacy_and_other/MagVenture_MC_B70.ccd" I think this file should be
<br>
the same as the old one except for potential numerical precision which
<br>
may differ slightly across platforms and operating systems. If you
<br>
need to "exactly" reproduce the .nii.gz coil you can just use the old
<br>
file if you like.</p>
<p dir="auto">I hope this answer is sufficient to address your question, otherwise
<br>
let me know, Best,
<br>
Kristoffer</p>
<p dir="auto">On Wed, 8 Feb 2023 at 16:53, Sean McBride <sean@rogue-research.com> wrote:</p>
<p dir="auto">Hi all,</p>
<p dir="auto">In my SimNIBS 3.2.5 installation, there are the following files (with md5 checksum):</p>
<p dir="auto">ccd-files/Magstim_70mm_Fig8.ccd) = 7054f818a041612c613e8c5ad73a37ec
<br>
ccd-files/Magstim_70mm_Fig8.nii.gz) = fc3cbf340b2d7e68e67ecb52a2e7b110
<br>
ccd-files/MagVenture_MC_B70.ccd) = ad5597208f6c3d1a301efa2267f4cf73
<br>
ccd-files/MagVenture_MC_B70.nii.gz) = 4159ab1bef77ecc2f2cece25d909be0a</p>
<p dir="auto">In my 4.0 installation, there are:</p>
<p dir="auto">legacy_and_other/Magstim_70mm_Fig8.ccd) = 7054f818a041612c613e8c5ad73a37ec
<br>
legacy_and_other/Magstim_70mm_Fig8.nii.gz) = fc3cbf340b2d7e68e67ecb52a2e7b110
<br>
legacy_and_other/MagVenture_MC_B70.ccd) = ad5597208f6c3d1a301efa2267f4cf73</p>
<p dir="auto">It looks like MagVenture_MC_B70.nii.gz is missing. Was it removed deliberately? The docs say that the .nii.gz files should be preferred over the .ccd files [1], so I find this suspicious. I appreciate that it's "legacy", but still...</p>
<p dir="auto">[1] <a href="https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/sim_struct/tmslist.html" style="color: #999999;">https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/sim_struct/tmslist.html</a></p>
<p dir="auto">Thanks,</p>
<p dir="auto">Sean</p>
<p dir="auto">_______________________________________________
<br>
Simnibs-discuss mailing list
<br>
Simnibs-discuss@drcmr.dk</p>
<br></blockquote></blockquote></div>
<div class="markdown" style="white-space: normal;">
<blockquote style="margin: 0 0 5px; padding-left: 5px; border-left: 2px solid #777777; color: #777777;">
<blockquote style="margin: 0 0 5px; padding-left: 5px; border-left: 2px solid #777777; border-left-color: #999999; color: #999999;">
<p dir="auto"><a href="https://mailman.drcmr.dk/mailman/listinfo/simnibs-discuss" style="color: #999999;">https://mailman.drcmr.dk/mailman/listinfo/simnibs-discuss</a></p>
</blockquote>
</blockquote>

</div>
</div>
</body>

</html>