<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Feb 8, 2023 at 1:43 PM Sean McBride <<a href="mailto:sean@rogue-research.com">sean@rogue-research.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><u></u>




<div><div style="font-family:sans-serif"><div style="white-space:normal">
<p dir="auto">On 8 Feb 2023, at 13:25, Sliva, Danielle wrote:</p>
</div><div style="white-space:normal"><blockquote style="margin:0px 0px 5px;padding-left:5px;border-left:2px solid rgb(119,119,119);color:rgb(119,119,119)"><blockquote style="margin:0px 0px 5px;padding-left:5px;border-left:2px solid rgb(153,153,153);color:rgb(153,153,153)"><p dir="auto"><a href="https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/neuronavigation/brainsight.html?highlight=brainsight" style="color:rgb(153,153,153)" target="_blank">https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/neuronavigation/brainsight.html?highlight=brainsight</a></p>
</blockquote><p dir="auto">I just tried this, and unfortunately the importer doesn't support
<br>
DICOM-style coordinates.</p>
</blockquote></div>
<div style="white-space:normal">
<p dir="auto">Hmmm, I've never actually used it, or looked at its code, so I may have my foot in my mouth here, but looking at the above link, I think the authors may have misunderstood what the coordinate systems Brainsight exports mean.  And/or I'm misunderstanding the coordinate systems SimNIBS uses. :)</p>
<p dir="auto">What Brainsight calls "World" is not necessarily LPS.  The origin is not even necessarily in a corner of the volume.  Each dataset defines its own world coordinates.</p>
<p dir="auto">What Brainsight calls "Brainsight" is always what SimNIBS calls LPS though (origin at RAI).</p>
<p dir="auto">So perhaps the correct thing to do is:</p>
<ul>
<li>From BS, export in "Brainsight" coordinates</li>
<li>hand edit the resulting file to change the coordinate system name near the top of the file from "Brainsight" to "World"</li>
<li>import into SimNIBS (where is seems to be assuming that "World" means LPS)</li></ul></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>That works to import! I'll run a simulation and let you know how the target position looks. </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div style="font-family:sans-serif"><div style="white-space:normal"><ul>
</ul>
<p dir="auto">I'd be curious to know if that works.</p>
<p dir="auto">I'll find the time to read through the SimNIBS Brainsight import/export code too....</p>
<p dir="auto">Sean</p>

</div>
</div>
</div>


</blockquote></div><div><br></div>Thanks, <div>Danielle<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font color="#000000">Danielle D. Sliva</font><div><font color="#000000">PhD Candidate, Jones Lab</font></div><div><font color="#000000">Dept. of Neuroscience</font></div><div><font color="#000000">Brown University</font></div></div></div></div></div></div></div></div></div>