<div dir="ltr"><div dir="ltr">Thanks, Sean.<div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Feb 8, 2023 at 12:34 PM Sean McBride <<a href="mailto:sean@rogue-research.com" target="_blank">sean@rogue-research.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">On 8 Feb 2023, at 11:25, Sliva, Danielle wrote:<br>
<br>
> I have already collected my data using Brainsight and am now trying to<br>
> import the targets to SimNIBS for modeling, so I cannot change the fact<br>
> that I used dicom files to create the targets<br>
<br>
Ah, I see.<br>
<br>
> Perhaps there is some kind of transformation I could do to the<br>
> Brainsight coordinates?<br>
<br>
Probably the best is, when you export the Targets/Samples to .txt file from Brainsight is to use "Brainsight" coordinates.  "Brainsight" coordinates are DICOM-style where the origin is at RAI (and the vectors point towards LPS).  I believe the SimNIBS importer supports such coordinates too:<br>
<br>
<a href="https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/neuronavigation/brainsight.html?highlight=brainsight" rel="noreferrer" target="_blank">https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/neuronavigation/brainsight.html?highlight=brainsight</a></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>I just tried this, and unfortunately the importer doesn't support DICOM-style coordinates. </div><div><br></div><div><i>"ValueError: Coordinate system 'Brainsight' is not supported. Export targes/samples as NIfTI:Scanner (or Dicom/World)."<br></i><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>
<br>
Note that the upcoming Brainsight 2.5 will also be able to import/export .txt files where the origin is at LPI (and the vectors point towards RAS).<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>Looking forward to Brainsight 2.5!</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
>>> I know that Brainsight does some preprocessing to<br>
>>> the image (e.g. alignment to AC-PC line)<br>
>><br>
>> Brainsight in fact does not do any such realignment.<br>
><br>
> For the preprocessing, I was just referring to the optional atlas<br>
> registration step in Brainsight.<br>
<br>
Even that feature though does not actually process/realign the project's dataset, unlike some other software.  It merely creates an internal 4x4 matrix to map between the dataset's coordinates and MNI coordinates.<br></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>Oh, good to know :)<br><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
Cheers,<br>
<br>
Sean<br>
</blockquote></div><div><br></div><br clear="all"><div>Thanks again, </div><div>Danielle</div><div><br></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font color="#000000">Danielle D. Sliva</font><div><font color="#000000">PhD Candidate, Jones Lab</font></div><div><font color="#000000">Dept. of Neuroscience</font></div><div><font color="#000000">Brown University</font></div></div></div></div></div></div></div></div>