<div dir="ltr"><br><div><pre><span class="gmail-nb"><font face="arial, sans-serif">Dear Oula,</font></span></pre><pre><span class="gmail-nb"><font face="arial, sans-serif">Thanks for your help. I uninstalled SimNIBS and installed again inside Anaconda environment using following commands: </font></span> </pre><pre> </pre><pre><span class="gmail-nb">export</span> <span class="gmail-nv">PATH</span><span class="gmail-o">=</span><span class="gmail-s2">"</span><span class="gmail-nv">$HOME</span><span class="gmail-s2">/miniconda/bin:</span><span class="gmail-nv">$PATH</span><span class="gmail-s2">"</span> <span class="gmail-c1"># This part can change depending on your miniconda installation</span>
conda env create -f ~/Downloads/environment_linux.yml
conda activate simnibs_env</pre><pre>pip install <a href="https://github.com/simnibs/simnibs/releases/download/v4.0.0/simnibs-4.0.0-cp39-cp39-linux_x86_64.whl">https://github.com/simnibs/simnibs/releases/download/v4.0.0/simnibs-4.0.0-cp39-cp39-linux_x86_64.whl</a></pre><pre><br></pre><pre><font face="arial, sans-serif">After that, I installed Spyder in the simnibs_env environment in Anaconda. I ran a simple tDCS simulation. It worked correctly.</font></pre><pre><font face="arial, sans-serif"><br></font></pre><pre><font face="arial, sans-serif">Best wishes,</font></pre><pre><font face="arial, sans-serif">-Hassan</font></pre></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Feb 1, 2023 at 5:17 PM Oula Puonti <<a href="mailto:oulap@drcmr.dk">oulap@drcmr.dk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Hassan,<br>
<br>
In case you installed spyder using the instructions on the simnibs<br>
website it might be that the spyder version does not work anymore on<br>
linux versions running wayland. I'll check and try to update the<br>
instructions so that everything works.<br>
<br>
In the meantime, if you have anaconda you can install spyder in a<br>
virtual environment of your choice and then change the standard python<br>
interpreter to the simnibs_python one (which should be inside the bin<br>
folder in your simnibs installation location). See instructions on how<br>
to chhange the python interpreter here:<br>
<br>
<a href="https://stackoverflow.com/questions/43592879/how-to-change-python-version-in-anaconda-spyder" rel="noreferrer" target="_blank">https://stackoverflow.com/questions/43592879/how-to-change-python-version-in-anaconda-spyder</a><br>
<br>
Best,<br>
Oula<br>
<br>
On Sat, 2023-01-28 at 21:55 +0330, Hassan Yazdanian wrote:<br>
> Hi,<br>
> <br>
> I install Spyder IDE editor to run scripts. But, I am getting the<br>
> following error message when I want to start Spyder:<br>
> <br>
> (<br>
> Warning: Ignoring XDG_SESSION_TYPE=wayland on Gnome. Use<br>
> QT_QPA_PLATFORM=wayland to run on Wayland anyway.<br>
> <br>
> Could not load the Qt platform plugin "xcb" in "" even though it was<br>
> found.<br>
> <br>
> This application failed to start because no Qt platform plugin could<br>
> be initialized. Reinstalling the application may fix this problem.<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> Available platform plugins are: eglfs, linuxfb, minimal, minimalegl,<br>
> offscreen, vnc, wayland-egl, wayland, wayland-xcomposite-egl,<br>
> wayland-xcomposite-glx, webgl, xcb.<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> Aborted (core dumped)<br>
> )<br>
> <br>
> Any possible help would be appreciated.<br>
> <br>
> Best wishes,<br>
> -Hassan<br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Simnibs-discuss mailing list<br>
> <a href="mailto:Simnibs-discuss@drcmr.dk" target="_blank">Simnibs-discuss@drcmr.dk</a><br>
> <a href="https://mailman.drcmr.dk/mailman/listinfo/simnibs-discuss" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.drcmr.dk/mailman/listinfo/simnibs-discuss</a><br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Hassan Yazdanian, PhD.<div>Department of Biomedical Engineering<br>Faculty of Electrical Engineering<br>K.N.Toosi University of Technology<br></div></div></div></div></div></div></div>