<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi, </div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">It's my first time approaching SimNIBS, and I have three main questions:<br><div><br></div><div>1) I'm trying to create a head mesh .msh from a .nii T1 file from the command prompt (following the instructions I found <a href="https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/tutorial/head_meshing.html#" target="_blank">here</a>), but it gives me the same error message, and it stops the procedure:</div><div><div><br></div></div></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><div><div><font face="monospace">[ simnibs ]CRITICAL: Uncaught exception</font></div></div></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><div><font face="monospace">ValueError: The qform and sform of do not match. Please run charm with the --forceqform option</font></div></div><div><br></div></blockquote>and I don't know what does it mean/how to solve it. <div><br></div><div>2) I was wondering whether I can use SimNIBS to optimize TMS coil positioning, in conjunction with Softaxic neuronavigation. I see that you provide a script to import coordinates from .stmpx files generated from Softaxic (<a href="https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/neuronavigation/softaxic.html" target="_blank">here</a>). </div><div>A.  Does it run on Python? Is there any Matlab version I could use?</div><div>B. Is the coordinate system used by SimNIBS compatible with Softaxic? .stmpx contains points acquired in Softaxic in different coordinate systems, which one is the SimNIBS compatible one?</div><div><br></div><div>3) I tried to do the TMS optimization following the tutorial on the data you provided (<a href="https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/tutorial/tms_optimization.html#tms-optimize" target="_blank">here</a>). </div><div>I have different output files (.msh, .opt, .geo, etc), but I'm not sure where I can find the coordinates of the optimized coil position. </div><div><br></div><div>Thanks in advance, </div><div><br></div><div>Best, </div><div><br></div><div>Martina Mancano</div><div><br></div></div>