<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am using SimNIBS4 to do a TMS simulation with targets from a previous experimental session that utilized Brainsight for neuronavigation. I followed the instructions here <<a href="https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/neuronavigation/brainsight.html?highlight=brainsight">https://simnibs.github.io/simnibs/build/html/documentation/neuronavigation/brainsight.html?highlight=brainsight</a>> to import the targets from a Brainsight output text file, and chose the <i>World</i> coordinate system (<i>NIfTI:aligned</i> was not an available option). </div><div><br></div><div>The target I'm using is in primary somatosensory cortex, adjacent to the motor hand knob. When I look at the simulation results in gmesh, it looks like the coil position is off - it is in the correct general area, but way too deep in the brain. The spatial distribution of the electrical field is also too deep in the brain, without activation on the surface of the gyri. I found the same issue for a different control target location. </div><div><br></div><div>I used raw files (DICOM converted to NIfTI & DICOM) for SimNIBS and Brainsight, respectively. I know that Brainsight does some preprocessing to the image (e.g. alignment to AC-PC line) - is this accounted for in the automatic LPS to RAS conversion in simnibs.brainsight.read()? Is there another co-registration step that I am missing?</div><div><br></div><div>Any advice is much appreciated. </div><div><br></div><div>Many thanks, </div><div>Danielle<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font color="#000000">Danielle D. Sliva</font><div><font color="#000000">PhD Candidate, Jones Lab</font></div><div><font color="#000000">Dept. of Neuroscience</font></div><div><font color="#000000">Brown University</font></div></div></div></div></div></div></div></div></div>