<div dir="ltr">Dear Oula,<div><br></div><div>Thank you. I could visualize the brainstem.</div><div><br></div><div>I really appreciate your help.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Atsushi</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">2023年1月17日(火) 22:37 Oula Puonti <<a href="mailto:oulap@drcmr.dk">oulap@drcmr.dk</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Atsushi,<br>
<br>
In gmsh if you select Tools -> Visibility, and then select WM in the<br>
tissues list (along with GM if you like) you should be able to see the<br>
brain stem.<br>
<br>
Best,<br>
Oula<br>
<br>
<br>
On Tue, 2023-01-17 at 13:15 +0900, Atsushi Shima wrote:<br>
> Dear Oula,<br>
> <br>
> Thank you for your reply.<br>
> I wanted to display the results of the simulation on the brainstem,<br>
> instead of creating labels for the brainstem.<br>
> Similarly in Ernie, the brainstem was not displayed in the results.<br>
> Do I need to process to display of the white matter in gmsh?<br>
> I appreciate your help.<br>
> <br>
> Best,<br>
> Atsushi<br>
> BS.pngBS2.png<br>
> <br>
> 2023年1月17日(火) 7:59 Oula Puonti <<a href="mailto:oulap@drcmr.dk" target="_blank">oulap@drcmr.dk</a>>:<br>
> > Hi Atsushi,<br>
> > <br>
> > Are you trying to create a separate label for the brain stem? It<br>
> > should<br>
> > be part of the white matter in the standard charm output.<br>
> > <br>
> > You said that you can see the brain stem on ernie, so I'm wondering<br>
> > if<br>
> > something went wrong when you ran the specific subject where you<br>
> > cannot<br>
> > see the brain stem. <br>
> > <br>
> > Could you maybe send us a screenshot showing the problem?<br>
> > <br>
> > Thanks,<br>
> > Oula<br>
> > <br>
> > <br>
> > On Sun, 2023-01-15 at 21:20 +0900, Atsushi Shima wrote:<br>
> > >  Dear SimNIBS Team,<br>
> > > <br>
> > > Thank you for the wonderful program. I have a couple of<br>
> > > questions.<br>
> > > <br>
> > > I would like to visualize the brainstem.<br>
> > > The pipeline of "charm" seems working well. However, when we see<br>
> > > the<br>
> > > results with gmsh, there is a lack of the brainstem.<br>
> > > I also tried the test data (ernie m2m), however, I could see the<br>
> > > brainstem.<br>
> > > <br>
> > > Is it possible to visualize the brainstem in SimNIBS version<br>
> > > 4.0.0?<br>
> > > (I could see the previous papers describing the brainstem by v2<br>
> > > or<br>
> > > 3.)<br>
> > > I appreciate your help.<br>
> > > <br>
> > > Sincerely,<br>
> > > Atsushi Shima<br>
> > > _______________________________________________<br>
> > > Simnibs-discuss mailing list<br>
> > > <a href="mailto:Simnibs-discuss@drcmr.dk" target="_blank">Simnibs-discuss@drcmr.dk</a><br>
> > > <a href="https://mailman.drcmr.dk/mailman/listinfo/simnibs-discuss" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.drcmr.dk/mailman/listinfo/simnibs-discuss</a><br>
> > <br>
<br>
</blockquote></div>