<div dir="ltr"><div id="gmail-:4t8" class="gmail-ii gmail-gt" style="margin-top:8px;direction:ltr;font-size:0.875rem;font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif"><div id="gmail-:4t9" class="gmail-a3s gmail-aiL" style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:small;line-height:1.5;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;overflow:hidden"><div dir="ltr"><div><div id="gmail-m_4514801113405169290divtagdefaultwrapper" dir="ltr"><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">The affine matrix indicates the transformation done to the coil <span style="font-size:12pt">coordinate system in order to place it in the right position, hence the first 3 elements of the last column indicates the coil center position (typically the location of the coil surface with highest A field) in the coordinate system of the head model - so as you say.</span></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><span style="font-size:12pt">The rotation is then given by the initial three elements of each of the first three columns being unit vectors indicating x, y and z directions of the coil in subject space.</span></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><span style="font-size:12pt">If you want to express that in terms of angles you will have to decompose into these - see for example: </span><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small"><a href="https://people.cs.clemson.edu/~dhouse/courses/401/notes/affines-matrices.pdf">https://people.cs.clemson.edu/~dhouse/courses/401/notes/affines-matrices.pdf</a>.</span></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small">Best,</span></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small">Kristoffer</span></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Hello,<br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">I am trying to optimize coil positioning and orientation for TMS but I am not sure how to apply the affine transformation matrix in Localite (matrix shown below). I used headreco to generate the headmodel. <br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">- Because I used headreco, the values in the matrix are in native space, is that correct?<br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">- How do I define the entry target in Localite? Would this be 84.3, -8.4, 35.6?</div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">- How do I calculate the rotation angle from this matrix? I am aware of the coil and axes orientations in SimNIBS and Localite (attached) but do not know how to use that information to set the rotation angle. </div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Affine matrix after TMSoptimize:<br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">[[-5.7218e-03 -3.2704e-01 -9.4499e-01  8.4300e+01]<div> [-8.5258e-01 -4.9224e-01  1.7551e-01 -8.3755e+00]</div><div> [-5.2256e-01  8.0669e-01 -2.7601e-01  3.5573e+01]</div> [ 0.0000e+00  0.0000e+00  0.0000e+00  1.0000e+00]]</div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Thank you in advance, I appreciate all the help I can get. </div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Goi Khia<br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><br></div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">--</div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Goi Khia Eng</div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Postdoctoral Fellow, Department of Psychiatry</div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">New York University School of Medicine</div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Visiting Scientist</div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Nathan Kline Institute for Psychiatric Research</div><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><a href="mailto:goikhia.eng@nyulangone.org" target="_blank">goikhia.eng@nyulangone.org</a></div><a href="mailto:goikhia.eng@nki.rfmh.org" target="_blank">goikhia.eng@nki.rfmh.org</a></div><p><br>------------------------------------------------------------<br>This email message, including any attachments, is for the sole use of the intended recipient(s) and may contain information that is proprietary, confidential, and exempt from disclosure under applicable law. Any unauthorized review, use, disclosure, or distribution is prohibited. If you have received this email in error please notify the sender by return email and delete the original message. Please note, the recipient should check this email and any attachments for the presence of viruses. The organization accepts no liability for any damage caused by any virus transmitted by this email.<br>=================================</p><div class="gmail-yj6qo"></div><div class="gmail-adL"></div></div><div class="gmail-adL"></div></div><div class="gmail-adL"></div></div></div><div class="gmail-hq gmail-gt" id="gmail-:4tg" style="margin-top:15px;margin-bottom:15px;font-size:0.875rem;clear:both;font-family:Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif"><br class="gmail-Apple-interchange-newline"></div></div>