<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    Thanks I will try this right now. <br>
    <br>
    Sorry for this beginner's mistake. <br>
    <br>
    If I understood correctly, the variable num_elecs refers to the
    total number of stimulation modalities.<br>
    <br>
    ie:<br>
    num_elecs  = 1 if tDCS only, (or TMS only)<br>
    num_elecs  = 2 if TMS + tDCS (even if I use multiple tDCS
    electrodes)<br>
    <br>
    Is that right ? <br>
    <br>
    Thank you very much.<br>
    <br>
    Best<br>
    <br>
    Quentin<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">Le 31/03/2022 à 10:07, Axel Thielscher
      a écrit :<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:bcdb3a24-2aa9-d805-85cf-77d1ba5291a6@drcmr.dk">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <p>Dear Quentin,</p>
      <p>please change the line:<br>
      </p>
      <p>num_elecs = 2;</p>
      <p>to <br>
      </p>
      <p>num_elecs = 1;</p>
      <p>then it will work.</p>
      <p><br>
      </p>
      <p>by num_elecs = 2, you specify that the tDCS simulation is added
        as simulation number 2 (i.e. s.poslist{2}) which SimNIBS should
        run:</p>
      <p>% Initialize a tDCS simulation<br>
        s.poslist{num_elecs} = sim_struct('TDCSLIST');<br>
        % Set currents<br>
        s.poslist{num_elecs}.currents = [1e-3 -1e-3];</p>
      <p>...<br>
      </p>
      <p>However, as there is no simulation number 1 (s.poslist{1}
        remains empty), SimNIBS complains. I guess you defined the TMS
        simulation as simulation number 1, so that it then worked.<br>
      </p>
      <p>Best,</p>
      <p>Axel<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <div class="moz-cite-prefix">On 3/30/2022 5:19 PM, Quentin
        Mesnildrey wrote:<br>
      </div>
      <blockquote type="cite"
        cite="mid:0919a799-bbe6-9b2d-8f2f-1456eda3bf5f@corstim.com">
        <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
          charset=UTF-8">
        Dear all,<br>
        <br>
        please find the very basic simulation I tried to run and the
        associated error message. <br>
        <br>
        Note that the same code works when I add a TMS section. <br>
        <br>
        Best<br>
        <br>
        Quentin<br>
        <br>
        <br>
        <br>
        <br>
        <br>
        <div class="moz-cite-prefix">Le 29/03/2022 à 09:44, Axel
          Thielscher a écrit :<br>
        </div>
        <blockquote type="cite"
          cite="mid:6631f2e5-2b2d-e4fa-e19d-24fb37c2ae3a@drcmr.dk">Dear
          Quentin, <br>
          <br>
          can you please send the matlab script where the error occured?
          <br>
          <br>
          Best, <br>
          <br>
          Axel <br>
          <br>
          <br>
          On 3/25/2022 4:54 PM, Quentin Mesnildrey wrote: <br>
          <blockquote type="cite">Dear community, <br>
            <br>
            I am just beginning to run simulations using simnibs so I
            apologize in advance if my question has been answered in the
            past. If so, please redirect me to a previous discussion. <br>
            <br>
            I have managed to run tDCS simulation using the GUI. My next
            step is to run it using matlab scripts. I started using the
            tutorial script provided on the website. Everything seems to
            work well when I do not change anything but when I remove
            the TMS component (which I am not interested in), I end up
            with the following error message : <br>
            <br>
            ************** <br>
            if PL['type'][0] == 'TMSLIST': <br>
            IndexError: only integers, slices (`:`), ellipsis (`...`),
            numpy.newaxis (`None`) and integer or boolean arrays are <br>
            valid indices <br>
            ************** <br>
            Which seems to indicate that not having the TMS is
            problematic. <br>
            <br>
            I would deeply appriciate any advice on this (beginner)
            issue. <br>
            <br>
            Best regards, <br>
            <br>
          </blockquote>
        </blockquote>
        <br>
        <div class="moz-signature">-- <br>
          <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
            charset=UTF-8">
          <title></title>
          Quentin Mesnildrey<br>
          Chef de projet R&D  - CorStim<br>
          <a class="moz-txt-link-abbreviated moz-txt-link-freetext"
            href="mailto:quentin.mesnildrey@corstim.com"
            moz-do-not-send="true">quentin.mesnildrey@corstim.com</a><br>
          +33688875685<br>
          <img src="cid:part1.08Z56cFC.K7TeZo0T@corstim.com" alt=""
            class="" width="195" height="47"> </div>
      </blockquote>
      <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr. Axel Thielscher
Professor of Neurophysics and Neuroimaging
Danish Research Center for Magnetic Resonance
Copenhagen University Hospital Hvidovre
DK-2650 Hvidovre, Denmark
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.drcmr.dk" moz-do-not-send="true">www.drcmr.dk</a>
&
Department of Health Technology
Technical University of Denmark
DK-2800 Kgs. Lyngby
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.healthtech.dtu.dk/" moz-do-not-send="true">http://www.healthtech.dtu.dk/</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <title></title>
      Quentin Mesnildrey<br>
      Chef de projet R&D  - CorStim<br>
      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:quentin.mesnildrey@corstim.com">quentin.mesnildrey@corstim.com</a><br>
      +33688875685<br>
      <img src="cid:part2.TgJ0Su30.eVz3qb4h@corstim.com" alt=""
        width="195" height="47"> </div>
  </body>
</html>