<div dir="ltr"><div>Hi Oula,</div><div><br></div><div>   I just checked and am using FreeSurfer 7.1.1 -- I didn't know that mri2mesh doesn't support Freesurfer 7 and greater. Is this information in the mri2mesh documentation? Either way, thanks for your help! I'll install FreeSurfer 6 for now and retry.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Tayeb<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Apr 29, 2021 at 7:48 AM Oula <<a href="mailto:oulap@drcmr.dk">oulap@drcmr.dk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;" lang="DA"><div class="gmail-m_6304284375316180882WordSection1"><p class="MsoNormal"><span lang="FI">Hi Tayeb,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FI"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FI">Which version of FreeSurfer are you using? Due to a change in surface data formats, mri2mesh does not support FS versions >= 7.0<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FI"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FI">Best,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FI">Oula</span></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div style="border-color:rgb(225,225,225) currentcolor currentcolor;border-style:solid none none;border-width:1pt medium medium;padding:3pt 0cm 0cm"><p class="MsoNormal" style="border:medium none;padding:0cm"><b>Lähettäjä: </b><a href="mailto:tayebzaidi@gmail.com" target="_blank">Tayeb Zaidi</a><br><b>Lähetetty: </b>29. april 2021 09:10<br><b>Vastaanottaja: </b><a href="mailto:discuss@simnibs.org" target="_blank">discuss@simnibs.org</a><br><b>Aihe: </b>[Simnibs-discuss] Meshfix error in SimNIBS-3.2.3</p></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Hello,</p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    I've been working to use SimNIBS-3.2 to generate head segmentation for several subjects from the Human Connectome Project. When running "mri2mesh --all subjectnumber T1w.nii T2w.nii" I successfully finish recon-all from Freesurfer and then the mri2mesh script raises an error when creating the subcortical mask. The exact error is:</p></div><div><p class="MsoNormal">"</p></div><div><p class="MsoNormal">mris_convert ./opticrad_FS.fsmesh ./opticrad_FS.stl<br><br>/home/awarru/SimNIBS-3.2/simnibs_env/lib/python3.7/site-packages/simnibs/bin/linux/meshfix subcortical_FS.stl -a 2.0 --remove-handles -q -o subcortical.off<br><br>ERROR- fseek /home/guilherme/simnibs_misc/meshfix/contrib/JMeshLib/src/MESH_STRUCTURE/io.cpp:1335 failed.error code 255</p></div><div><p class="MsoNormal">"</p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">It seems like there is an error within meshfix.  In a prior thread on this mailing list (<a href="https://mailman.drcmr.dk/pipermail/simnibs-discuss/2020-May/000051.html" target="_blank">https://mailman.drcmr.dk/pipermail/simnibs-discuss/2020-May/000051.html</a>) this issue was raised and it wasn't clear if there was a resolution. I have looked at the subcortical_FS.stl file and it looks like how I would expect in a mesh viewer.</p></div><div><p class="MsoNormal">I am running these commands on a T5810 workstation with Ubuntu 20.04 installed. </p></div><div><p class="MsoNormal">Is there any solution to this issue?</p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks,</p></div></div><p class="MsoNormal">Tayeb Zaidi</p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></blockquote></div>