<html>
  <head>
    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <font face="monospace">Hi Jason<br>
      <br>
      Sorry for the late reply.<br>
    </font>
    <ol>
      <li><font face="monospace">Yes, the leadfield is calculated for
          the x, y, and z components.</font></li>
      <li><font face="monospace">Just omit the ground electrode. The
          electrodes in the forward solution should correspond to the
          electrodes </font><font face="monospace">in your data. Please
          be aware that due to the way the forward problem is solved
          with TDCSLEADFIELD </font><font face="monospace"><font
            face="monospace">(using reciprocity)</font>, you will need
          to multiply by -1 when using it for EEG source analysis. Also,
          the number of channels in the leadfield is one less than in
          the cap file because one of them is used as reference during
          the simulation. You will need to add this yourself afterwards
          (all zeros). In the hdf5 file, the attributes </font><font
          face="monospace"><font face="monospace">'reference_electrode'
            and </font></font><font face="monospace"><font
            face="monospace"><font face="monospace">'electrode_names'</font></font>
          in mesh_leadfield/leadfields/tdcs_leadfield should tell you
          which electrode was used as reference and </font><font
          face="monospace"><font face="monospace">the names of all the
            electrodes, respectively. Also, if you use an average
            reference in your inverse analysis, remember to also convert
            the forward solution to an average reference.</font></font></li>
      <li><font face="monospace">We are currently working on SimNIBS 4.0
          but it is not quite there yet. It will probably be a while
          before it is released but I do not know the exact plans. To my
          knowledge, we do not plan to implement inverse solvers in
          SimNIBS as there are plenty of great implementations available
          already, however, we do plan to allow people to interface with
          other packages. I believe we will support MNE-Python and
          perhaps FieldTrip. That way you should be able to integrate
          forward solutions from SimNIBS with inverse solvers from these
          software packages.</font><br>
      </li>
    </ol>
    <font face="monospace">Let me know if anything is unclear.<br>
      <br>
      Best wishes,<br>
      <br>
      Jesper<br>
      <br>
      ________________________________<br>
      From: Jason Leung<br>
      Sent: March 10, 2021 11:49 AM<br>
      To: discuss at simnibs.org <discuss at simnibs.org><br>
      Subject: SimNIBS for EEG Source Reconstruction<br>
      <br>
      Hello,<br>
      <br>
      I am trying to use SimNIBS for EEG source reconstruction and I
      have a few questions.<br>
      <br>
        1.  I noticed that the leadfield matrix created with
      TDCSLEADFIELD that is stored in the hdf5 file has dimensions: [3 x
      number of nodes x number of EEG electrodes]. I was wondering what
      the first dimension of 3 here represents. Is it the current
      density split into the X, Y, Z components?<br>
        2.  I'm trying to import my own EEG cap for the leadfield
      calculations. In the EEG cap CSV file, I noticed that reference
      electrode is labelled as 'ReferenceElectrode' as compared to other
      electrodes which are just labelled 'Electrode'. Is there another
      label for the ground electrode or should I just omit it from the
      CSV file?<br>
        3.  I noticed Oula mentioned that SimNIBS 4.0 is available from
      this abstract
submission<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="https://ww4.aievolution.com/hbm2001/index.cfm?do=abs.viewAbs&abs=2104"><https://ww4.aievolution.com/hbm2001/index.cfm?do=abs.viewAbs&abs=2104></a>.
      According to the abstract, SimNIBS 4.0 supports lead-field
      calculations, which allows the improved head modeling to be
      integrated into EEG source reconstruction algorithms. I was
      wondering where we could download and install version 4.0, since
      the latest one I can find is version 3.2. I'm also interested to
      know if this new version of SimNIBS come with EEG source inversion
      algorithms (i.e. MNE, LORETA) as well. Currently, I'm looking into
      how I can read the leadfield computed by TDCSLEADFIELD() into
      fieldtrip to do source inversion, but if SimNIBS 4.0 comes with
      support for these algorithms as well that would be very nice!<br>
      <br>
      Thanks a lot for the amazing software package and I really
      appreciate your help!<br>
      <br>
      Jason<br>
    </font>
  </body>
</html>