<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body>
    <p>Hello,</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>1) As of now you would need to write a small python or matlab
      script which loads the mesh file and calculates the distances from
      your coil to the cortex. But I've implemented this calculation as
      a part of the standard pipeline for the next version. Beginning in
      version 3.2 this value will be written out in the log.</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>2) I'm by no means an electrophysiology specialist (my background
      is physics and computer science) but the time dynamics of tDCS and
      TMS are very different. While tDCS uses a direct current applied
      over a long time (typically minutes), TMS happens at a quite short
      time scale (typically microseconds) and have strong variations in
      time, even monophasic pulses. So I guess that, while it is valid
      to speculate if small fields can have an effect in TMS, direct
      comparison with tDCS using only field strength is not very
      appropriate. <br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Best Regards,</p>
    <p>Guilherme</p>
    <p><br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 24/07/2020 18.50, Mccalley, Daniel
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:BN6PR11MB4004F9D4240E3C57FAB5414FA5770@BN6PR11MB4004.namprd11.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Hi all, </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        I have two questions about some eField models that I've
        created: </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        1) Is there a simple way to extract the measured scalp-to-cortex
        distance between the defined TMS position and the cortex? I
        imagine SIMNIBs must calculate this in creating the eField. I
        would be very interested in extracting that information for
        other analyses. </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        2) In interpolating my electric field models to .nii files, I'm
        attempting to discern how best to threshold the eFields such
        that I might create a Region of Interest of mask based on the
        precise site of stimulation. I know that there is much debate
        surrounding 1 V/m as a critical value in tDCS modeling. In TMS,
        I've noticed that even in my modeling of stimulation intensities
        that are particularly low (40% MSO, 58.4 dI/dT on Magventure),
        the resulting eField has a rough value of about 45 V/m at the
        site of stimulation (crosshairs at the first image), but even
        areas near the occipital cortex have a rough value of 3-4 V/m
        (crosshairs at second image). While proportionally this V/m is
        much smaller than the actual site of stimulation, I could
        imagine one might argue that a value of 3-4V/m may influence
        cortical neurons.<br>
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Is this a typical result or is it possible I've made some
        critical mistake in my modeling?</div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Thank you so much for your help!</div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Best,</div>
      <div>
        <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
          font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
          <br>
        </div>
        <div id="Signature">
          <div>
            <div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">Dan McCalley
              <div>Medical University of South Carolina</div>
              <div>College of Graduate Studies, Neuroscience</div>
              <div><br>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
Simnibs-discuss mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Simnibs-discuss@drcmr.dk">Simnibs-discuss@drcmr.dk</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.drcmr.dk/mailman/listinfo/simnibs-discuss">https://mailman.drcmr.dk/mailman/listinfo/simnibs-discuss</a>
</pre>
    </blockquote>
  </body>
</html>